GMP車間為了避免交叉污染，清掃凈化車間設備的東西均應按產品特色、工藝要求、空氣潔凈度等級的不同別離專用，廢物裝入防塵袋中拿出。GMP車間的清掃有必要在上下班前、生產工藝操作結束后進行；清掃要在凈化車間空調系統工作中進行；清掃作業結束后，凈化空調系統要繼續工作，直到康復規則的潔凈等級停止，開機工作時刻一般不短于該GMP車間的自凈時刻。運用的消毒劑要定時替換，以避免微生物產生耐藥性。大的物件搬進車間時，先要在一般環境頂用真空吸塵器進行開始的吸塵凈化，然后再準進入凈化車間內，用潔凈室真空吸塵器或擦洗方法進一步處理；在GMP車間凈化系統間斷工作期間，不允許把大的物件搬進凈化車間。
GMP車間要進行消毒滅菌，可采用干熱滅菌、濕熱滅菌、輻射滅菌、氣體滅菌、消毒劑消毒。現介紹輻射滅菌，首要適用于熱敏性物質或產品的滅菌，但有必要證明該射線對產品無害。紫外線輻射消毒具有一定的殺菌效力，但在運用中存在不少問題，紫外線燈管的強度、潔凈度、環境濕度和間隔等諸多要素都會影響消毒作用，其他其消毒作用不高，不適用于有人員活動的空間和有氣流流動的空間，這些原因使紫外線消毒不被國外GMP接受。紫外線滅菌對露出目標需長時刻照射，對于室內輻照，當要求滅菌率抵達99%時，一般細菌的照射劑量約為10000-30000uw.S/cm。一支距地上2m的15W的紫外燈，其照射強度約為8uw/cm，則需照射1h左右才行，而在這1h之內被照射場所不能進入，否則對人的皮膚細胞也有損壞，有明顯的致癌的作用。
