毫無疑問，無菌車間是1個獨特自然環境，其內部針對自然環境規定較為高，因此在應用無菌車間時必須在許多層面留意：
1.無菌車間應下設無菌操作間和緩存間，無菌操作間潔凈度等級應超過10000級，室溫維持在18-24℃，環境濕度維持在45-65%。超凈臺潔凈度等級應超過100級。
2.應清潔，禁止堆積臟物，防止環境污染。
3.堅決杜絕任何殺菌器械和培養液環境污染，已污染者應停用。
4.應常備工作中濃度值的消毒劑，如5%的甲酚水溶液，75%的乙醇，0.1%的新潔爾滅溶液，這些。
5.應按時用適合的消毒劑殺菌清理，以確保無菌車間的潔凈度等級符合規定。
6.必須帶到無菌車間應用的儀器設備，器材，培養皿等任何物件，均應捆扎嚴實，并應歷經適合的方式殺菌。
7.工作員進到無菌車間前，務必用香皂或消毒劑洗手消毒，隨后在緩存間拆換專用型工作服裝，鞋，遮陽帽，防護口罩和膠手套(或用75%的酒精再度擦洗兩手)，即可進到無菌車間開展實際操作。
8.應用前務必開啟無菌車間的紫外燈輻照滅菌30分鐘左右，而且另外開啟超凈臺開展吹風機。實際操作結束，應立即清除無菌車間，再用紫外燈輻照滅菌30分鐘。
9.供試品在查驗前，應維持外包裝盒詳細，不可打開，防止環境污染。查驗前，用75%的乙醇藥棉消毒殺菌外表層。
10.每一次操作流程中，均應做呈陰性對比，以查驗無菌操作的可信性。
11.汲取菌液時，務必用吸耳球汲取，切忌立即用口觸碰塑料吸管。
12.接種針每一次應用前后左右，務必根據火苗燒灼殺菌，待水冷卻后，即可打疫苗塑造物。
13.含有菌液的塑料吸管，試管嬰兒，培養皿等容器應侵泡在盛滿5%來蘇爾水溶液的消毒殺菌桶內消毒殺菌，24鐘頭后取下清洗。
14.凡含有活菌的物件，務必經消毒殺菌后，能夠在自來水龍頭下清洗，禁止環境污染下水管道。
